La réforme des congés maladie des agents publics, introduite par la loi de finances pour 2025, apporte une évolution importante dans la gestion des ressources humaines des collectivités territoriales. En effet, depuis le 1er mars 2025, les agents publics en congé de maladie ordinaire ne bénéficieront plus du maintien intégral de leur rémunération durant les trois premiers mois de leur absence, mais d’un taux de remplacement réduit à 90 % de leur traitement. Cette réforme, bien que concise dans sa présentation législative, a des conséquences importantes pour les collectivités, tant sur le plan financier qu’organisationnel.

Une mesure à l’impact large sur la rémunération

Jusqu’à récemment, les fonctionnaires bénéficiaient d’un maintien à 100 % de leur traitement pendant les trois premiers mois de leur congé maladie ordinaire. Désormais, ce taux de remplacement est abaissé à 90 %. Cette mesure concerne non seulement les fonctionnaires, mais a également été étendue aux agents contractuels, à travers un décret du 27 février 2025. Cette modification entraîne des conséquences directes sur plusieurs éléments de rémunération qui sont eux-mêmes calculés en fonction du traitement des agents.

Les primes liées au traitement (nouvelle bonification indiciaire, complément de traitement indiciaire, indemnité compensatrice de la hausse de la CSG, etc.), ainsi que celles calculées en pourcentage du traitement (comme l’indemnité spéciale de fonction et d’engagement pour les policiers municipaux ou la prime de responsabilité des emplois administratifs), seront également impactées par cette réduction. Par conséquent, les agents en congé maladie verront non seulement leur traitement de base réduit, mais aussi l’ensemble des primes et indemnités qui en dépendent.

Le Rifseep et l’ajustement des délibérations locales

Un autre point crucial concerne le Rifseep, le régime indemnitaire tenant compte des fonctions, des sujétions, de l’expertise et de l’engagement professionnel. Le Rifseep est composé de deux parts : l’indemnité de fonctions, de sujétion et d’engagement (IFSE), et le complément indemnitaire annuel (CIA).

Certaines collectivités avaient pris des délibérations permettant aux agents en congé maladie de continuer à percevoir leur part IFSE à 100 % pendant les trois premiers mois de leur absence. Cependant, la nouvelle législation impose une réduction de cette part à 90 %. Ainsi, les collectivités devront réajuster ces délibérations afin de respecter la règle de parité avec la fonction publique d’État, comme l’a précisé la Direction générale des collectivités locales (DGCL). En l’absence de cette modification, les collectivités ne seraient plus en conformité avec la réglementation en vigueur.

Date d’application et implications pratiques

Il est important de noter que cette réforme ne s’applique qu’aux arrêts maladie débutant à partir du 1er mars 2025. En revanche, les arrêts maladie débutés avant cette date, même s’ils sont prolongés, sont exclus du champ d’application de cette nouvelle règle, à moins que le nouvel arrêt ne constitue un congé maladie ordinaire distinct.

Les collectivités territoriales devront être vigilantes quant à l’application de cette réforme. Les services RH devront veiller à bien informer les agents des nouvelles modalités et adapter leurs procédures de gestion des congés maladie en conséquence. Une attention particulière devra être portée aux primes et indemnités, afin d’éviter toute erreur dans les calculs de rémunération.

Les défis à venir pour les collectivités

Les collectivités se trouvent face à un défi administratif et financier. Bien que cette réforme soit conçue pour harmoniser les pratiques au sein de la fonction publique, elle pourrait avoir un impact sur le moral et la motivation des agents, notamment pour ceux dont les revenus sont fortement influencés par les primes et indemnités.

Les élus et les responsables des ressources humaines devront également anticiper les conséquences de cette réforme sur la gestion du personnel. Ils devront trouver un équilibre entre la nécessité de se conformer à la législation et la volonté de maintenir un environnement de travail stable et équitable pour les agents.

Dans ce contexte, il est essentiel que les collectivités instaurent une communication claire et transparente avec leurs agents. Il s’agira de leur expliquer les changements dans les modalités de rémunération pendant un congé maladie, mais aussi de répondre à leurs interrogations sur les impacts pratiques de cette réforme.

La DGCL a annoncé qu’une note d’application détaillée sera publiée prochainement afin de clarifier davantage les modalités d’application de ces nouvelles règles. Nous vous la communiquerons dès sa mise en ligne.